на фрюхе, помимо установки порта zoneinfo и перезапуска tzsetup, надо обратить внимание на то, какое время отдает пхп:
[root@adm /]# php -r "echo date('r');"
Wed, 23 Nov 2011 13:18:28 +0400
(тут если время неверное, то pecl install timezonedb, либо, если pecl нет, то порт /usr/ports/misc/pecl-timezonedb/)
и
mysql
mysql> select now();
+---------------------+
| now() |
+---------------------+
| 2011-11-23 13:20:08 |
+---------------------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql>
ну а мускуль достаточно просто перезапустить.